Wątki bez odpowiedzi | Aktywne wątki Teraz jest Śr maja 22, 2019 3:37 am



Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 13 ] 
 Co integruje procesy w komórce? 
Autor Wiadomość
Zagadywacz
Zagadywacz

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 65
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Co integruje procesy w komórce?
Holenderski reżyser udokumentował proces rozwoju traszki górskiej od pojedynczej komórki, aż do przeistoczenia się w kompletny organizm. Trzy tygodnie zdjęć zostało skompresowane w sześciominutowe nagranie. Ten hipnotyzujący film pokazuje nam cud życia w bardzo prosty i delikatny sposób. Zmusza nas do zastanowienia się skąd pochodzimy, także jako ludzie. Ukazuje bardzo złożony mechanizm natury i sprawia, że ​​fenomen stworzenia wszystkich istot wygląda jeszcze bardziej magicznie. Autor z powodzeniem skondensował trzy tygodnie pracy w kilkuminutowe nagranie, któremu towarzyszą łagodne dźwięki prowadzące widzów przez wyjątkową podróż przez cud narodzin” – tak jury festiwalu uzasadniło swoją decyzję.
https://www.youtube.com/watch?v=7Q9VyHJ1l2Q ( polecam w jakości 1080 hd)
Warto zadać sobie pytanie: co integruje pod względem ilościowo-jakościowo-czasowo-przestrzennym proces metamorfozy komórki jajowej w np. traszkę? Choć wszystkie komórki organizmu wielokomórkowego zawierają praktycznie identyczną informację genetyczną, identyczny genotyp, to jednak komórki różnych tkanek znacznie się różnią, wykazują odmienny fenotyp. Ta różnorodność wynika z różnego wykorzystania tej samej informacji genetycznej, dzięki czemu w przypadku organizmu człowieka powstaje około 200 różnych typów komórek. To właśnie mechanizmy epigenetyczne umożliwiają powstanie stałych wzorców ekspresji genów dla danej zróżnicowanej komórki, a jednocześnie umożliwiają krótkotrwałe, odwracalne zmiany w ich ekspresji. Dzięki nim inicjowane są i utrzymywane procesy związane z różnicowaniem komórek Epigenomem określa się zestaw modyfikacji DNA i białek histonowych, które regulują strukturę chromatyny, a przez to kontrolują ekspresję genów, replikację i naprawę DNA oraz inne funkcje komórkowe.
Same geny więc nie wystarczają, aby opisać i wyjaśnić procesy epigenetyczne. Co jednak ( jaki czynnik; informacja) integruje materialne procesy zachodzące w epigenomie?


Śr kwi 03, 2019 11:29 pm
Zobacz profil
Niesamowity Gaduła
Niesamowity Gaduła

Dołączył(a): So lip 14, 2012 8:57 pm
Posty: 5295
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Kiedyś badano prosty układ jakiegoś robaka chyba z 200 neuronami. Okazało się to kompletną zagadką, bodaj stwierdzono - układ nie zachowuje się deterministycznie, nie zachowuje się też losowo, zachowuje się jak chce.

_________________
Śpieszmy się kochać ludzi


Śr kwi 03, 2019 11:48 pm
Zobacz profil
Zagadywacz
Zagadywacz

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 65
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Andy72 napisał(a):
Kiedyś badano prosty układ jakiegoś robaka chyba z 200 neuronami. Okazało się to kompletną zagadką, bodaj stwierdzono - układ nie zachowuje się deterministycznie, nie zachowuje się też losowo, zachowuje się jak chce.

Teraz chciałbym Tobie, jak i wszystkim forumowiczom, przedstawić problem, jaki ma komórka pospolitych jednokomórkowych drożdży Saccharomyces cerevisiae, już tylko na pierwszym i najważniejszym etapie ekspresji genu - inicjacji transkrypcji ( aktywacji i/lub represji). Skorzystałem z największej i regularnie aktualizowanej bazy TF drożdży http://www.yeastract.com/index.php służącej do analizy transkrypcji genów tego organizmu poprzez różne TF. Od ostatniej aktualizacji w czerwcu 2017 r. YEASTRACT obejmuje około 163000 powiązań regulacyjnych między czynnikami transkrypcyjnymi (TF) a genami docelowymi w S. cerevisiae, w oparciu o ponad 1600 odniesień bibliograficznych; obejmuje również 247 konkretnych wiążących konsensusów DNA regulowanych przez 113 TF. Można sobie m.in. wybrać warunki, w jakich dany gen podlega ekspresji i zobaczyć jakie TF wtedy go regulują. Za przykład biorę gen białka histon HHT2 w warunkach bezstresowych w logarytmicznej fazie wzrostu (Unstressed log-phase growth control).
TF, które bezpośrednio udokumentowano wiązanie specyficzne z promotorem jest 7 np. Met28p,Met4p.
TF, które pośrednio udokumentowano wiązanie z promotorem jest aż 43, tylko wiążą się w sposób niespecyficzny, czyli niezgodny z sekwencją konsensusową charakterystyczną dla danego TF. Jeśli chcemy wiedzieć, jakie TF wiążą się z promotorem w specyficznych warunkach, to np. zaangażowane w synchronizację cyklu komórkowego są tylko 3: Yox1p, Yhp1p, Swi4p( tylko ten wiąże się specyficznie). TF zaangażowane w regulację w zależności od dostępności azotu: Flo8p ,Sfp1p ( oba niespecyficznie). Można dalej szukać TF w zależności od określonych warunków np. stres, dostępność tlenu itd. Będą to inne TF. Na czym polega integracja? Komórka drożdży posiada potencjalnie 117 TF, ale tylko część jest w ciągłym użyciu. Wiele ( większość?) jest nieobecna i dopiero w określonych warunkach jest używana do regulacji specyficznych genów. W przypadku genu HHT2 w warunkach dostępności azotu: 1. musi dokonać najpierw specyficznych modyfikacji specyficznych histonów w specyficznym miejscu np. promotor. 2. musi rekrutować specyficzne TF: lo8p i Sfp1p i dostarczyć je do promotora, spośród wielu TF, a nawet wielu białek obecnych w jadrze. Proces jest selektywny i specyficzny- zarówno w czasie, jak i przestrzeni, więc wymaga koordynacji przez czynnik integrujący, którego mechanizm działania i natura pozostają zagadkowe. Jeśli ktoś potrafi wyjaśnić regulację genu HHT2 ( lub dowolnego z bazy) bez postulowania czynnika integrującego - czekam na propozycję. Zauważcie, jak problem robi się skomplikowany, gdy uświadomimy sobie, że komórka musi w sposób skoordynowany i selektywny regulować tysiące genów i to nie tylko na poziomie inicjacji transkrypcji, ale splicingu https://pl.wikipedia.org/wiki/Splicing# ... ternatywny, transportu m-RNA, modyfikacji i transportu białka itd.
Z ciekawostek: Dla przykładu metabolom drożdży z bazy Yeast Metabolome Database (YMDB) http://www.ymdb.ca/ Poczciwe drożdże mają w swych komórkach, dzięki różnych procesom ok 16 000 związków chemicznych! http://www.ymdb.ca/compounds
Do tego posiadają 9595 ścieżek(szlaków) metabolicznych http://www.ymdb.ca/pathways
Na ich drodze zachodzi 31624 reakcji http://www.ymdb.ca/reactions Dla mnie, chemika z wykształcenia to wszystko wprawia w 8O 8O 8O


Cz kwi 04, 2019 12:33 am
Zobacz profil
Niesamowity Gaduła
Niesamowity Gaduła

Dołączył(a): Pn mar 20, 2006 11:39 pm
Posty: 2946
Lokalizacja: Roztocze
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Nie jestem chemikiem. Więc z innej strony. Czy te procesy nie wskazują na mechanizm typu zegarowego? Opowiednie zębatki trafiają tylko w konkretne trybiki w genach ułożone. A ubytki zębów w trybikach są odciskane na nowo przez bezpośredni kontakt. Formowane jak z plasteliny.
Bądź że czy same te procesy, są zupełnie do siebie nie pasujące? Więc same ich przebiegi są związane z zewnętrzną ingerencją w ich istnienie. Pytam znawcę tego tematu, bo jakiś wniosek pewnie masz.

_________________
prezydent Legionu Maryi p.Brzozówka


Cz kwi 04, 2019 9:28 am
Zobacz profil WWW
Zagadywacz
Zagadywacz

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 65
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
witoldm napisał(a):
Nie jestem chemikiem. Więc z innej strony. Czy te procesy nie wskazują na mechanizm typu zegarowego? Opowiednie zębatki trafiają tylko w konkretne trybiki w genach ułożone. A ubytki zębów w trybikach są odciskane na nowo przez bezpośredni kontakt. Formowane jak z plasteliny.
Bądź że czy same te procesy, są zupełnie do siebie nie pasujące? Więc same ich przebiegi są związane z zewnętrzną ingerencją w ich istnienie. Pytam znawcę tego tematu, bo jakiś wniosek pewnie masz.

To ,co proponujesz ma cechy mechanicyzmu. https://pl.wikipedia.org/wiki/Mechanicyzm Procesy w komórce są nieliniowe. Geny ze swoimi sekwencjami do pewnego stopnia determinują procesy ekspresji genów, ale aktywacja/represja samych genów już tak nie może być na ogół wyjaśniona. Co koordynuje modyfikację histonów konieczną do ekspresji genów? https://en.wikipedia.org/wiki/Histone-modifying_enzymes Można powiedzieć, że białka za to odpowiedzialne, ale te białka różne modyfikują różne białka histonowe w zależności od genów: inaczej te aktywne; inaczej represyjne. Jakichś czynnik rekrutuje i integruje te białka - jaki? Skąd ma informację do tych procesów? Ciekawy artykuł o dynamice organizmu żywego https://zenodo.org/record/1321726/files ... -01-71.pdf


Cz kwi 04, 2019 11:59 am
Zobacz profil
Gaduła
Gaduła

Dołączył(a): N sty 20, 2019 1:59 pm
Posty: 509
Płeć: mężczyzna
wyznanie: chrześcijanin, inne (trynitarny i biblijny)
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Bardzo ciekawe pytanie Orfeuszu, ale chyba przeceniasz nasze możliwości. Jeśli znałbym odpowiedź, to pewnie opisał bym ją, wysłał do Nature i grzecznie się pod tym podpisał :wink:


Cz kwi 04, 2019 6:57 pm
Zobacz profil
Zagadywacz
Zagadywacz

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 65
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
ŚmiałyHarpunnik napisał(a):
Bardzo ciekawe pytanie Orfeuszu, ale chyba przeceniasz nasze możliwości. Jeśli znałbym odpowiedź, to pewnie opisał bym ją, wysłał do Nature i grzecznie się pod tym podpisał :wink:


Czy w ogóle widzisz koordynacje procesów w komórce? Dopiero w zależności od odpowiedzi na to pytanie, można zacząć dyskusję.


Cz kwi 04, 2019 8:09 pm
Zobacz profil
Gaduła
Gaduła

Dołączył(a): N sty 20, 2019 1:59 pm
Posty: 509
Płeć: mężczyzna
wyznanie: chrześcijanin, inne (trynitarny i biblijny)
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Orfeusz napisał(a):
Czy w ogóle widzisz koordynacje procesów w komórce? Dopiero w zależności od odpowiedzi na to pytanie, można zacząć dyskusję.

O co konkretnie pytasz? Czy mam świadomość ich istnienia? Tak. Czy je rozumiem? Nie.


Cz kwi 04, 2019 8:49 pm
Zobacz profil
Niesamowity Gaduła
Niesamowity Gaduła

Dołączył(a): Pn mar 20, 2006 11:39 pm
Posty: 2946
Lokalizacja: Roztocze
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Orfeusz
Więc to drugie.
Nie znasz tego mechanizmu, pisząc że w jakichś sposób one na siebie wpływają w pewnych warunkach. No to wiele nie wiemy. Są jednak wspólne zasady mechanizmów i tych procesów w komórkach. Czyli nieliniowość, przenoszenie ruchów zakodowanych w mechanizmach. Oraz przenoszenie przetworzonych konstrukcji komurek według klucza, lecz jeszcze z uwzględnieniem okoliczności czy potrzeb. Coś to wszystko spaja i to w sobie właściwy sposób. Często nawet wbrew przeszkodom, gdy są uszkodzenia genu. W sumie komórka to taki chemiczny inkubator, o zacięciu mechanicznych zależności. No i teraz pytanie które sam zadajesz, co tym steruje? Bo jak steruje to znaczy nieliniowo, więc po określonym kodzie, to nie powinno być w tym wątpliwości. Może to być interakcja. Bo chemia już tak ma, że wystarczy obecność substancji i następują procesy o określonym charakterze. A może być jeszcze coś czego nie znamy.

_________________
prezydent Legionu Maryi p.Brzozówka


Cz kwi 04, 2019 10:25 pm
Zobacz profil WWW
Zagadywacz
Zagadywacz

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 65
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
ŚmiałyHarpunnik napisał(a):
Orfeusz napisał(a):
Czy w ogóle widzisz koordynacje procesów w komórce? Dopiero w zależności od odpowiedzi na to pytanie, można zacząć dyskusję.

O co konkretnie pytasz? Czy mam świadomość ich istnienia? Tak. Czy je rozumiem? Nie.

Czy masz wiedzę naukową, która uprawnia Ciebie do postawienia tezy o konieczności integracji procesów w komórce?


Cz kwi 04, 2019 10:41 pm
Zobacz profil
Zagadywacz
Zagadywacz

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 65
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
witoldm napisał(a):
Orfeusz
Więc to drugie.
Nie znasz tego mechanizmu, pisząc że w jakichś sposób one na siebie wpływają w pewnych warunkach. No to wiele nie wiemy. Są jednak wspólne zasady mechanizmów i tych procesów w komórkach. Czyli nieliniowość, przenoszenie ruchów zakodowanych w mechanizmach. Oraz przenoszenie przetworzonych konstrukcji komurek według klucza, lecz jeszcze z uwzględnieniem okoliczności czy potrzeb. Coś to wszystko spaja i to w sobie właściwy sposób. Często nawet wbrew przeszkodom, gdy są uszkodzenia genu. W sumie komórka to taki chemiczny inkubator, o zacięciu mechanicznych zależności. No i teraz pytanie które sam zadajesz, co tym steruje? Bo jak steruje to znaczy nieliniowo, więc po określonym kodzie, to nie powinno być w tym wątpliwości. Może to być interakcja. Bo chemia już tak ma, że wystarczy obecność substancji i następują procesy o określonym charakterze. A może być jeszcze coś czego nie znamy.


A może AT "witalistyczna" koncepcja życia? http://lenartowicz.jezuici.pl/wp-conten ... -20052.pdf Polecam też artykuły z działu FILOZOFICZNE PROBLEMY DYNAMIKI FORM ZYWYCH str. 61-379 https://wydawnictwowam.pl/sites/default ... _skrot.pdf


Cz kwi 04, 2019 10:45 pm
Zobacz profil
Zagadywacz
Zagadywacz

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 65
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Interakcje białko-białko, białko-DNA itd nie wyjaśniają integracji zachodzących specyficznie i selektywnie, które mają sens biologiczny np. splicing, synteza rybosomów itd W komórce zachodzą astronomiczne ilości niespecyficznych interakcji, ale tylko znikomo mały procent (promil?) ma sens biologiczny. Czynnik integrujący działa w sposób ograniczająco-selekcjonujący na ten pejzaż molekularny: https://www.youtube.com/watch?v=2fobDHHl11c


Cz kwi 04, 2019 10:54 pm
Zobacz profil
Niesamowity Gaduła
Niesamowity Gaduła
Avatar użytkownika

Dołączył(a): Pt lut 04, 2011 4:00 pm
Posty: 3065
Lokalizacja: EWOLUCJA jest OK.
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Orfeusz napisał(a):
Dla mnie, chemika z wykształcenia to wszystko wprawia w 8O 8O 8O


Mnie również. To co właśnie opisałeś, jest dla mnie wręcz PRZERAŻAJĄCE. Jest to o tyle bardzie przerażające jak słucham kogoś i ktoś mówi że "my wiemy".

Naukowcy, jako osoby to naprawdę mało wiedza... z drugiej strony, jako wspólnota jest BARDZO ciężko zintegrować te dany (np. to co opisałeś). Generalnie, nie ma ostatnio teorii, jest z to dużo obserwacji i pomiarów :lol: :x .

Mnie osobiście temat różnicowania komórek zawsze fascynował, ale niestety nie mam możliwości (finansowych) nad tym pracowania :(.

_________________
Dr mgr inż. Leszcz - to tak dla jasności.


Pt kwi 05, 2019 4:35 pm
Zobacz profil
Wyświetl posty nie starsze niż:  Sortuj wg  
Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 13 ] 


Kto przegląda forum

Użytkownicy przeglądający ten dział: Brak zidentyfikowanych użytkowników i 2 gości


Nie możesz rozpoczynać nowych wątków
Nie możesz odpowiadać w wątkach
Nie możesz edytować swoich postów
Nie możesz usuwać swoich postów

Szukaj:
Skocz do:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Przyjazne użytkownikom polskie wsparcie phpBB3 - phpBB3.PL