Wątki bez odpowiedzi | Aktywne wątki Teraz jest Cz paź 01, 2020 2:54 pm



Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 97 ]  Przejdź na stronę 1, 2, 3, 4, 5 ... 7  Następna strona
 Zagadka zmienności kodu genetycznego 
Autor Wiadomość
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 326
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik
Odpowiedz z cytatem
Post Zagadka zmienności kodu genetycznego
Witam
Chciałbym zaproponować temat z biologii, który jest sporym wyzwaniem intelektualnym. Zapraszam wszystkich do wspólnej: racjonalnej i merytorycznej dyskusji.
Zastanawia mnie, jak wyjaśnić ewolucyjnie zmienność kodu genetycznego, czyli przejście z jednego systemu kodowania na inny? Okazuje się, że kod genetyczny nie we wszystkich organizmach jest ten sam, czyli uniwersalny/standardowy. Odstępstwa nie są poważne, i z reguły dotyczą kodowania jednego aminokwasu i/lub inicjacji lub terminacji translacji. Występują u nielicznych gatunków jednokomórkowych, w których odstępstwa dotyczą kodu genetycznego jadra komórkowego i/lub w mitochondriach - tu również u wielokomórkowych np. ssaki. Standardowy kod genetyczny https://pl.wikipedia.org/wiki/Kod_genetyczny U niektórych gatunków orzęsków UAA i UAG kodują kwas glutaminowy zamiast stop, podczas gdy u innych UGA koduje tryptofan. Tych odstępstw od uniwersalności kodu genetycznego jest więcej: https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_g ... s8127izTvQ
W czym jest problem? Jeśli zmutowana syntetaza i/lub t-RNA zacznie dostarczać inny aminokwas, niż to było w pierwotnym (standardowym) kodzie, to zaczną powstawać białka o innej sekwencji, a w konsekwencji strukturze przestrzennej. Np. u niektórych gatunków drożdży kodon t-RNA CUG koduje serynę. W standardowym kodzie ten kodon w czasie translacji jest tłumaczony na leucynę.To są aminokwasy o różnych właściwościach chemicznych. W zależności w ilu miejscach występuje ten kodon, to zmieniony aminokwas będzie występował w jednym, a czasami w kilkunastu miejscach. Praktyczne konsekwencje to zmiana w: modyfikacja posttranslacyjnych; stabilności; transporcie; niespecyficznym interakcjom itd. Zaczną powstawać z reguły niefunkcjonalne lub częściowo funkcjonalne białka. Wydaje się to obniżać fitness. Czy jednak można wyjaśnić przystosowawczym doborem naturalnym? W artykule https://www.sciencedirect.com/science/a ... e734tIDIxw podjęto taką próbę. Wg autorów (rys.6) dwuznaczne (zmienione) dekodowanie kodonów spowodowałoby syntezę zmutowanych białek, generując w ten sposób zmutowany proteom. Białka wchodzące w jego skład, w nieprawidłowy sposób by się fałdowały. Skutkowałoby to ich: agregacji, a następnie degradacji. Taka sytuacja stresowa spowodować może jednak aktywację białek opiekuńczych, co ma miejsce w komórkach wszystkich organizmów, co pewną wartość dostosowawczą. To
umożliwia komórkom tolerowanie silnego stresu, zwiększając w ten sposób ich potencjał adaptacyjny. Ponadto może to spowodować mutagenezę wywołaną stresem translacyjnym i w konsekwencji synteza enzymów naprawczych.
To, że komórka użyje białek opiekuńczych, aby wesprzeć fałdowanie niektórych zmutowanych białek, nie rozwiązuje problemów. To wciąż są białka częściowo lub w pełni niefunkcjonalne - obniżone dostosowanie w stosunku do warunków przy kodzie wyjściowym (standardowym). Tym bardziej, że w ten sposób (zmieniony) są odczytywane i syntezowane wszystkie białka, a przynajmniej większość ( w zależności jaki rodzaj zmiany w kodzie miał miejsce). Białka zmutowane będą z reguły degradowane, więc komórka nie będzie mogła z nich korzystać i będzie skazana na spadek adaptacji . Te nieliczne, które przetrwają proces degradacji, będą zmienione (strukturalnie i funkcjonalnie). Prowadzić to będzie bezpośrednio lub pośrednio do zaburzenia różnych procesów, w zależności o jakie białka chodzi: tzn.replikacja, transkrypcja, translacja, metabolizm , transport. To obniża dostosowanie, a biorąc pod uwagę skalę zmian prawdopodobnie do śmierci, a przynajmniej radykalnie to przyspiesza. Autorzy nie zaproponowali rozwiązania tego dylematu, tylko chwilowe i częściowe odroczenie wyroku, bo białka opiekuńcze nie stworzą nowych funkcjonalnych białek. Zmutowane białek natomiast są łatwym produktem do degradacji, co trudno uznać za adaptację, gdy nie ma funkcjonalnych zamienników.
Aby mieć dostęp do całego artykułu, to podpowiem: https://sci-hub.tw/ Wpisać link artykułu i czytać.

__________________________________________

Polecam wcześniej przeczytać trochę o syntezie białka np.: https://pl.khanacademy.org/science/biol ... QMbBsR88yw


Ostatnio edytowano N wrz 15, 2019 11:00 pm przez merss, łącznie edytowano 1 raz

scalenie dwóch postów



N wrz 15, 2019 10:21 pm
Zobacz profil
Zagadywacz
Zagadywacz
Avatar użytkownika

Dołączył(a): So wrz 07, 2019 2:09 pm
Posty: 110
Płeć: kobieta
wyznanie: religia niechrześcijańska
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
Mógłbyś poprawić linki, bo nie wszystkie działają? A co do samego tematu, jaką widzisz tu zagadkę? Przedstawiłeś pewne fakty, ale jaki masz z nimi problem?


Pn wrz 16, 2019 10:01 am
Zobacz profil
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 326
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
Kravia napisał(a):
Mógłbyś poprawić linki, bo nie wszystkie działają? A co do samego tematu, jaką widzisz tu zagadkę? Przedstawiłeś pewne fakty, ale jaki masz z nimi problem?

Lista odstępstw od standardowego kodu https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_g ... s8127izTvQ
Artykuł próbujący wyjaśnić ewolucję kodu genetycznego https://www.sciencedirect.com/science/a ... e734tIDIxw
Mamy organizmy, który przystosowały się funkcjonować w ramach kodu standardowego. Następuje mutacja/mutacje w genie t-RNA i/lub syntetazy, które determinują kod genetyczny. W wyniku tego dotychczasowy kodon, który kodował aminokwas Y, zaczął kodować aminokwas X. Skutkuje to włączaniem to łańcucha białkowego innego aminokwasu, niż był pierwotnie o zmienionych właściowościach chemicznych. . Praktyczne konsekwencje to zmiana w: modyfikacja posttranslacyjnych; stabilności; transporcie; niespecyficznym interakcjom itd. Zaczną powstawać z reguły niefunkcjonalne lub częściowo funkcjonalne białka, które będą zaburzać procesy biologiczne, które wcześniej były dobrze dostosowane. Czy obniża to całościowe ( bo zmiany objęły setki białek, w różnym stopniu) przystosowanie organizmu - moim zdaniem tak.
Czemu d.naturalny nie wyeliminował takich szkodliwych mutantów? One nie tylko w jakichś tajemniczy sposób przetrwały tą rewolucję, ale dostosowały(?) geny do nowego kodu. Dostosowanie polegało na powstaniu takich sekwencji w genach, aby nowy kod nie generował szkodliwych białek ,ale funkcjonalne. [u]Tylko prawdopodobieństwo takiej zmiany jest astronomicznie niskie, tym bardziej, gdy dotyczy setek genów. [/u]Aby ona w ogole potencjalnie mogła zajść potrzeba dużo czasu, gdyż zmiany ewolucyjne są stopniowe. Jak w tym długim czasie mutanty ze szkodliwymi zmianami mogły nie tylko przetrwać tą kodową rewolucję ,ale zdążyć wygenerować geny dostosowane do nowego kodu?


Pn wrz 16, 2019 1:27 pm
Zobacz profil
Niesamowity Gaduła
Niesamowity Gaduła

Dołączył(a): N sty 20, 2019 1:59 pm
Posty: 1441
Płeć: mężczyzna
wyznanie: chrześcijanin, inne (trynitarny i biblijny)
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
Natura jest niesamowita. Sądzę, że ewolucją rządzą siły, których jeszcze długo nie zrozumiemy. Biologia molekularna pozwala wiele wyjaśnić, ale ona jest trochę jak oglądanie mózgu pod mikroskopem w celu wyjaśnienia osobowości. Potrzebny jest nam holistyczny obraz, którego jeszcze długo mieć nie będziemy.

_________________
Self care is also not arguing with people who are committed to misunderstanding you.


Pn wrz 16, 2019 1:34 pm
Zobacz profil
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 326
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
Ładnie pokazane odstępstwa od kodu standardowego u różnych grup organizmów https://marlin-prod.literatumonline.com ... r1_lrg.jpg


Pn wrz 16, 2019 1:43 pm
Zobacz profil
Zagadywacz
Zagadywacz
Avatar użytkownika

Dołączył(a): So wrz 07, 2019 2:09 pm
Posty: 110
Płeć: kobieta
wyznanie: religia niechrześcijańska
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
Orfeusz napisał(a):
Czy obniża to całościowe ( bo zmiany objęły setki białek, w różnym stopniu) przystosowanie organizmu - moim zdaniem tak.

Ale w ewolucji nie chodzi o to, żeby przystosowanie organizmu było coraz lepsze. Wystarczy, że jest wystarczające - każdy mutant, który wyda potomstwo, udowadnia swoje przystosowanie.
Orfeusz napisał(a):
Czemu d.naturalny nie wyeliminował takich szkodliwych mutantów? One nie tylko w jakichś tajemniczy sposób przetrwały tą rewolucję, ale dostosowały(?) geny do nowego kodu. Dostosowanie polegało na powstaniu takich sekwencji w genach, aby nowy kod nie generował szkodliwych białek ,ale funkcjonalne. [u]Tylko prawdopodobieństwo takiej zmiany jest astronomicznie niskie, tym bardziej, gdy dotyczy setek genów. [/u]Aby ona w ogole potencjalnie mogła zajść potrzeba dużo czasu, gdyż zmiany ewolucyjne są stopniowe. Jak w tym długim czasie mutanty ze szkodliwymi zmianami mogły nie tylko przetrwać tą kodową rewolucję ,ale zdążyć wygenerować geny dostosowane do nowego kodu?

Według mnie dobór naturalny jak najbardziej wyeliminował te szkodliwe mutanty. Pozostały tylko te, u których mutacje nie okazały się szkodliwe, mimo wszystkich tych zmian. Mówimy o prostych organizmach, które rozmnażają się szybko i często - nie potrzeba milionów lat, by zaobserwować zmiany u milionów pokoleń. Rozmnażanie bezpłciowe także wiele ułatwia - nawet jeśli u miliarda osobników zmiany okazały się szkodliwe, wystarczy, że u jednego okazały się przynajmniej neutralne - i za chwilę te nieszkodliwe zmiany opanują całą populację, bo reszta wymrze.

Tak ja to widzę. Ewolucja nie raz już udowodniła, że zdarzenia o astronomicznie małym prawdopodobieństwie zdarzą się prędzej czy później, jeśli tylko będziesz próbować wystarczająco często ;)


Pn wrz 16, 2019 1:49 pm
Zobacz profil
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 326
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
ŚmiałyHarpunnik napisał(a):
Natura jest niesamowita. Sądzę, że ewolucją rządzą siły, których jeszcze długo nie zrozumiemy. .

Kluczowe są: zmienność genetyczna np. mutacje i dobór naturalny. To ma skutkować lepszym dostosowaniem, a przynajmniej na początkowym etapie dawać neutralne zmiany. Nie widzę tego mechanizmu w ewolucji kodu genetycznego. Komórki mają sprawdzony kod genetyczny. Po co d.naturalny miałby kreować nowy kod genetyczny. Organizmy posiadające go nie są lepiej przystosowane np. jakieś nowe ścieżki metaboliczne; lepsze sposoby naprawy DNA itd. W ramach standardowego kodu organizmy potrafią doskonale generować zmienność adaptacyjną (bajecznie zróżnicowane ścieżki metaboliczne np. E.coli https://www.genome.jp/kegg-bin/show_pat ... 1100+b1241 ; skutkującą wyrafinowanymi przystosowaniami np. archeony.


Pn wrz 16, 2019 1:53 pm
Zobacz profil
Niesamowity Gaduła
Niesamowity Gaduła

Dołączył(a): N sty 20, 2019 1:59 pm
Posty: 1441
Płeć: mężczyzna
wyznanie: chrześcijanin, inne (trynitarny i biblijny)
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
Orfeusz napisał(a):
Kluczowe są: zmienność genetyczna np. mutacje i dobór naturalny.

Postrzegasz mutacje oraz dobór naturalny jako siły napędowe ewolucji, natomiast dla mnie są one bardziej narzędziami. Główne siły dopiero czekają aby je odkryć i według mnie żeby to zrobić, trzeba poostrzegać organizmy bardziej holistycznie, niż tylko jako biochemiczne reaktory.
Orfeusz napisał(a):
Po co d.naturalny miałby kreować nowy kod genetyczny. Organizmy posiadające go nie są lepiej przystosowane np. jakieś nowe ścieżki metaboliczne

Może pewna tendencja do generowania nowego kodu jest szkodliwa dla jednostki, ale korzystna dla grupy. Jeśli maja pojawić się jakościowo nowe cechy, to skądś ich kod musi się brać. Nikt też nie powiedział, że ten mechanizm jest chaotyczny. Może po prostu my nie dostrzegamy jeszcze pewnych procesów.

_________________
Self care is also not arguing with people who are committed to misunderstanding you.


Pn wrz 16, 2019 2:03 pm
Zobacz profil
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 326
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
Kravia
Cytuj:
Ale w ewolucji nie chodzi o to, żeby przystosowanie organizmu było coraz lepsze.

Docelowo o to chodzi. Lepsze przystosowanie polega np. lepszej replikacji, transkrypcji, translacji; syntezie potrzebnych związków i/lub organelli komórkowych itd itd. Organizmy ewoluują i zwiekszają swoje dostosowania w ramach standardowego kodu. Nie potrzeba im do dostosowawczej ewolucji rewolucji kodowej.
Cytuj:
Wystarczy, że jest wystarczające - każdy mutant, który wyda potomstwo, udowadnia swoje przystosowanie.

Tylko czytaleś to, co napisałem? Rewolucja kodowa zmniejsza dostosowanie w sposób radykalny, bo obejmuje setki białek, które wpływają na wiele fundamentalnych procesów w komórce. Te zmutowane białka agregują (zaburzają jakichś proces/y) i/lub są degradowane przez specyficzne enzymy - tym samym komórka nie może nawet z tych częściowo funkcjonalnych zmutowanych białek korzystać, a w zamian nic nie dostaje.


Cytuj:
Według mnie dobór naturalny jak najbardziej wyeliminował te szkodliwe mutanty.

Jeśli wyeliminował, to pozostałyby tylko te ze standardowym kodem. Wiemy jednak, i to jest zagadką, że powstały i dostosowały się się te z nowym kodem.
Cytuj:
Pozostały tylko te, u których mutacje nie okazały się szkodliwe, mimo wszystkich tych zmian.

To jest trafna analiza dla działania ewolucji w ramach jednego kodu genetycznego. My dyskutujemy o rewolucyjnej zmianie, która ma być, przynajmniej na początku neutralna, ale docelowo zwiekzsać dostosowanie.
Cytuj:
Mówimy o prostych organizmach, które rozmnażają się szybko i często - nie potrzeba milionów lat, by zaobserwować zmiany u milionów pokoleń. Rozmnażanie bezpłciowe także wiele ułatwia - nawet jeśli u miliarda osobników zmiany okazały się szkodliwe, wystarczy, że u jednego okazały się przynajmniej neutralne - i za chwilę te nieszkodliwe zmiany opanują całą populację, bo reszta wymrze.

Zrozum: zmiana w sposobie kodowania generuje od razu produkcję niefunkcjonalnych lub częściowo funkcjonalnych białek. To ewidentnie obniża dostosowanie organizmu, tym bardziej, że dotyczy to wielu białek i procesów. To są fakty. Tego problemu (brzemienia!) nie mają organizmy zmutowane w ramach standardowego kodu. Mutant ze szkodliwym białkiem zostaje wyeliminowany, ale ten co przetrwał nie generuje produkcji niefunkcjonalnych białek bo ma standardowy, sprawdzony kod. U zrodeł problemu z nowym kodem jest generacja od razu zmienionych setek białek.


Pn wrz 16, 2019 2:14 pm
Zobacz profil
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 326
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
ŚmiałyHarpunnik

Cytuj:
Może pewna tendencja do generowania nowego kodu jest szkodliwa dla jednostki, ale korzystna dla grupy. Jeśli maja pojawić się jakościowo nowe cechy, to skądś ich kod musi się brać. Nikt też nie powiedział, że ten mechanizm jest chaotyczny. Może po prostu my nie dostrzegamy jeszcze pewnych procesów.

Możliwe, i to jest również zagadką, jak integracja procesów w komórce viewtopic.php?f=18&t=29841


Pn wrz 16, 2019 2:17 pm
Zobacz profil
Zagadywacz
Zagadywacz
Avatar użytkownika

Dołączył(a): So wrz 07, 2019 2:09 pm
Posty: 110
Płeć: kobieta
wyznanie: religia niechrześcijańska
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
Orfeusz napisał(a):
Cytuj:
Ale w ewolucji nie chodzi o to, żeby przystosowanie organizmu było coraz lepsze.

Docelowo o to chodzi. Lepsze przystosowanie polega np. lepszej replikacji, transkrypcji, translacji; syntezie potrzebnych związków i/lub organelli komórkowych itd itd. Organizmy ewoluują i zwiekszają swoje dostosowania w ramach standardowego kodu. Nie potrzeba im do dostosowawczej ewolucji rewolucji kodowej.

Ewolucja nie ma celu, więc nie może o to chodzić. Lepsze dostosowanie jest wynikiem przypadku, a nie czyjegoś celu.
Orfeusz napisał(a):
Cytuj:
Wystarczy, że jest wystarczające - każdy mutant, który wyda potomstwo, udowadnia swoje przystosowanie.

Tylko czytaleś to, co napisałem? Rewolucja kodowa zmniejsza dostosowanie w sposób radykalny, bo obejmuje setki białek, które wpływają na wiele fundamentalnych procesów w komórce. Te zmutowane białka agregują (zaburzają jakichś proces/y) i/lub są degradowane przez specyficzne enzymy - tym samym komórka nie może nawet z tych częściowo funkcjonalnych zmutowanych białek korzystać, a w zamian nic nie dostaje.

No tak. Ale czy te organizmy, o których mowa, wydają potomstwo? Wydają. Więc są przystosowane. Dlatego dobór naturalny ich nie wyeliminował.
Orfeusz napisał(a):
Cytuj:
Według mnie dobór naturalny jak najbardziej wyeliminował te szkodliwe mutanty.

Jeśli wyeliminował, to pozostałyby tylko te ze standardowym kodem. Wiemy jednak, i to jest zagadką, że powstały i dostosowały się się te z nowym kodem.

Źle na to patrzysz. W "standardowym" kodzie doszło do jakichś zmian. Organizmy, u których te zmiany okazały się szkodliwe, nie przetrwały. Organizmy, u których te zmiany okazały się neutralne lub korzystne, przetrwały. I tyle. Nie możesz nazwać zmian szkodliwymi, jeśli posiadający je organizm sobie normalnie żyje i się skutecznie rozmnaża.
Orfeusz napisał(a):
Cytuj:
Pozostały tylko te, u których mutacje nie okazały się szkodliwe, mimo wszystkich tych zmian.

To jest trafna analiza dla działania ewolucji w ramach jednego kodu genetycznego. My dyskutujemy o rewolucyjnej zmianie, która ma być, przynajmniej na początku neutralna, ale docelowo zwiekzsać dostosowanie.

Pojedynczego organizmu nie obchodzi, czy zmiana w jego ciele jest docelowo korzystna dla gatunku, czy nie. On tylko "chce" przetrwać. A jeśli przetrwa, to ta zmiana nie może być nazwana szkodliwą. Nawet jeśli taka ci się wydaje, gdy porównasz ją do "lepszego" kodu.
Orfeusz napisał(a):
Cytuj:
Mówimy o prostych organizmach, które rozmnażają się szybko i często - nie potrzeba milionów lat, by zaobserwować zmiany u milionów pokoleń. Rozmnażanie bezpłciowe także wiele ułatwia - nawet jeśli u miliarda osobników zmiany okazały się szkodliwe, wystarczy, że u jednego okazały się przynajmniej neutralne - i za chwilę te nieszkodliwe zmiany opanują całą populację, bo reszta wymrze.

Zrozum: zmiana w sposobie kodowania generuje od razu produkcję niefunkcjonalnych lub częściowo funkcjonalnych białek. To ewidentnie obniża dostosowanie organizmu, tym bardziej, że dotyczy to wielu białek i procesów. To są fakty. Tego problemu (brzemienia!) nie mają organizmy zmutowane w ramach standardowego kodu. Mutant ze szkodliwym białkiem zostaje wyeliminowany, ale ten co przetrwał nie generuje produkcji niefunkcjonalnych białek bo ma standardowy, sprawdzony kod. U zrodeł problemu z nowym kodem jest generacja od razu zmienionych setek białek.

Ale dla organizmu nie ma znaczenia, czy jego przystosowanie jest obniżone (w porównaniu do czegoś). Dopóki jest w stanie się skutecznie rozmnażać, to jego geny będą się rozpowszechniać w populacji. To jest jedyne, co ma znaczenie.

Popatrz: wyobraź sobie, że wylądowałeś na bezludnej wyspie. Żeby przetrwać, polujesz na papugi i pieczesz je nad ogniskiem, które rozpalasz pocierając o siebie dwa patyki. Czy nie byłoby lepiej użyć zapalniczki, albo jeszcze lepiej, pójść do restauracji i zamówić gotowe danie? No byłoby lepiej, jasne. Ale w danych okolicznościach nie jest to możliwe, a ty jeść musisz. I dopóki przetrwasz, nie ma znaczenia, czy jesz kurczaka w restauracji, czy papugę na plaży, bo cel zostaje osiągnięty. Tak samo jest ze zmianami genów. Dopóki pozwalają organizmowi się rozmnażać, dobór naturalny tych zmian nie jest w stanie wyeliminować.


Pn wrz 16, 2019 2:38 pm
Zobacz profil
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 326
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
Kravia

Cytuj:
Ewolucja nie ma celu, więc nie może o to chodzić. Lepsze dostosowanie jest wynikiem przypadku, a nie czyjegoś celu.

Oczywiście. To skrót myślowy. Chodzi mi tylko o to, że długofalowym skutkiem działania ewolucji jest polepszenie dostosowania organizmu, czego znakomitą egzemplifikacją są liczne ścieżki metaboliczne pozwalające wytwarzać potrzebne substancje i energie z różnych prekursorów. Tego wszystkiego pierwotniejsze organizmy nie posiadały lub w znikomym stopniu.


Cytuj:
No tak. Ale czy te organizmy, o których mowa, wydają potomstwo? Wydają. Więc są przystosowane. Dlatego dobór naturalny ich nie wyeliminował.

Tego właśnie nie wiemy, czy po takiej rewolucji kodowej byłyby w stanie wydać potomstwo. To wynika z tego, że jeśli zmiany w białkach dotyczyły absolutnie kluczowych procesów to mógł być problem. Np. jeśli zmutowała poważnie podjednostka odpowiedzialna za replikację ( nie wiążę DNA lub tylko krótkie fragmenty replikuje) to jest letalna. Podobnie z polimerazą odpowiedzialną za transkrypcję. Takich przypadków jest więcej. Oczywiście musimy założyć, że jednak taki zmutowany organizm jednak się rozmnożył - co jednak dalej, bo dalej ma w swym systemie generator błędów, który nieustanie produkuje zmutowane białka.

Cytuj:
Źle na to patrzysz. W "standardowym" kodzie doszło do jakichś zmian. Organizmy, u których te zmiany okazały się szkodliwe, nie przetrwały. Organizmy, u których te zmiany okazały się neutralne lub korzystne, przetrwały. I tyle. Nie możesz nazwać zmian szkodliwymi, jeśli posiadający je organizm sobie normalnie żyje i się skutecznie rozmnaża.

Zmiany jak najbardziej mogły być ( i były!) szkodliwe, ale to nie znaczy, że od razu (w 1 pokoleniu) były letalne. Zmiana w kodzie skutkowała produkcją niefunkcjonalnych i częściowo funkcjonalnych białek. Na czym to w praktyce polega? Np. komórka dokonuje replikacji, ale jej wierność jest na poziomie 1/100 nt. Da się z tym żyć przez kilka podziałów komórkowych , ale potem jest letalne. Podobnie z transkrypcją, czy translacją. Są błędy w transkrypcji. Powstają mRNA z licznymi błędami. Na ich podstawie syntezują się zmutowane białka, a do tego same białka wchodzące w skład maszynerii transkrypcyjnej są zmutowane. One też dokładają błędy. Potem te zmutowane białka tworzą częściowo funkcjonalne kompleksy, ale skutkuje to zaburzeniami w syntezie metabolitów, energii itd. Kaskada tych zmutowanych białek, prowadzi do kumulacji niekorzystnych procesów istotnych dla życia komórki, co jest w krótkim czasie letalne.

Cytuj:
A jeśli przetrwa, to ta zmiana nie może być nazwana szkodliwą. Nawet jeśli taka ci się wydaje, gdy porównasz ją do "lepszego" kodu.

Zmiana może być szkodliwa, czyli obnizać dostosowanie, ale to jest proces stopniowej anihilacji organizmu. Taki mutant jest chory, ale jeszcze resztką sił udaje mu się funkcjonować i rozmnażać. Dopóty, dopóki nie zużyje funkcjonalnych białek ( głównie te wytworzone ze standardowego kodu). Następne będą coraz gorszej jakości, a w konsekwencji produkować coraz gorsze białka itd.


Cytuj:
Ale dla organizmu nie ma znaczenia, czy jego przystosowanie jest obniżone (w porównaniu do czegoś). Dopóki jest w stanie się skutecznie rozmnażać, to jego geny będą się rozpowszechniać w populacji. To jest jedyne, co ma znaczenie.

Rozmnaża się , bo np. niektóre białka odpowiedzialne za ten proces ( cykl komórkowy) nie są na tyle mocno uszkodzone, więc mogą jakichś czas to przeprowadzać. Tylko komórka jest całością. Na ten proces posrednio zaczną szybko wpływać inne niefunkcjonalne białka, zaangażowane w translację, transport, syntezę metabolitów itd. Tym bardziej, gdy nie będzie funkcjonować w optymalnych warunkach, ale zacznie jej brakować np. aminokwasów, nukleotydów. Białka odpwiedzialne za ich syntezę już nie działają sprawnie lub w ogole, a w otoczeniu nie ma gotowych substratów. Zacznie umierać z głodu i/lub z braku energii. Do tego dołączy się kaskada błędów w replikacji/transkrypcji/translacji.
Problem polega na tym, że zmiana w systemie kodowania dotknie potencjalnie każde białko i każdy proces w komórce. Nie da się tego wyizolować np. niefunkcjonalna jest synteza metabolitów, a reszta procesÓW funkcjonalna. Białka produkują białka i wchodzą z nimi w interakcje. Jeśli np. w skład rybosomu wejdą zmutowane białka o obniżonej funkcjonalności to w skrajnym przypadku (ale realistycznym!) nie uda się komórce w ogóle złożyć rybosomu, co oznacza zanik produkcji białek i szybką śmierć. W bardziej optymistycznej wersji rybosom powstaje, ale nie jest w pełni funkcjonalny i wraz z pozostałą, liczną maszynerią translacyjną https://en.wikibooks.org/wiki/Principle ... of_protein zaczyna produkować coraz bardziej zmienione/niefunkcjonalne białka np. błędy w inicjacji/terminacji/zmiany w fazie odczytu itd. Takie coraz mniej funkcjonalne białka komórka użyje do budowy np. rybosomu, a on z kolei będzie jeszcze gorsze białka produkował, co relatywnie szybko będzie letalne. Ten proces może być przyspieszony, gdy inne białka o obniżonej funkcjonalności istotne dla życia komórki przestaną pełnić swoją funkcję w sposób właściwy np. duże błędy w replikacji, transkrypcji, transporcie białek.


Pn wrz 16, 2019 10:39 pm
Zobacz profil
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 326
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
Zauważ Kravia, jak w różne procesy biologiczne zaangazowane są liczne białka, nawet u relatywnie prostych drożdży. https://www.uniprot.org/uniprot/?query= ... #keyViewBy
(Proces) (Ilość białek)
Transport: 862
Transkrypcja: 530
Cykl komórkowy: 307
Budowa rybosomu: 180
Synteza białka: 101
naprawa DNA: 174
Synteza aminokwasów: 97
Odpowiedz na stres: 96
Glikoliza: 26
Zmieniony kod genetyczny generuje zmienione białka o obniżonej lub żadnej funkcjonalności. To wpływa na wszystkie te fundamentalne dla życia komórki procesy obniżając ich wydajność, co przez system interakcji obniża wydajność innych procesów i przez system sprzężeń zwrotnych zaburza coraz bardziej je, aż do śmierci. Nie da się przeprowadzić w sposób skuteczny cyklu komórkowego, gdy np. zaburzona jest synteza białek, które mają być użyte do jego przeprowadzenia. Podobnie z replikacją, transkrypcją. A nawet z transportem, bo jesli nawet białko A będzie funkcjonalne, ale białka B,C itd zaangażowane w transport A do np. mitochondrium, niefunkcjonalne lub częściowo funkcjonalne, to te optymalne bialka trafi nie tam gdzie trzeba i nie bedzie z niego pożytku.


Pn wrz 16, 2019 11:07 pm
Zobacz profil
Niesamowity Gaduła
Niesamowity Gaduła

Dołączył(a): Śr sie 01, 2018 12:38 pm
Posty: 2311
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
[ciach
Kiedys juz pisallem ze cale DNA jest wazne, a to co geentyka uwaza za aktywny fragment to jest po protu aktywny fragment, po ktorym mozemysie spodziewac aktywnych reakcji.
Te aktywne reakcje nie sa ograniczonne do aktualnie aktywnyych fragmentow DNA tylko do calego DNA ktore jest podastawa ktorej nie znamy kompletnie.
To o czym piszeci moze byc tak samo reakcja na zmieniiajace sie warunki srodowiska, jak i reakc ja na pojedyncze specyficzne warunki zycia pojedynczego osobnika, ktore wcale nie musza miec zadnych konsekwencji ewolucyjnych , jak i moga miec konsekwencje osobowe odnosnie stylu zycia [ciach

_________________
someone1@opoczta.pl


Ostatnio edytowano Wt wrz 17, 2019 9:28 am przez merss, łącznie edytowano 2 razy

wycięto argumentowanie, którego nie dopuszcza się w tym dziale



Pn wrz 16, 2019 11:18 pm
Zobacz profil
Zagadywacz
Zagadywacz
Avatar użytkownika

Dołączył(a): So wrz 07, 2019 2:09 pm
Posty: 110
Płeć: kobieta
wyznanie: religia niechrześcijańska
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Zagadka zmienności kodu genetycznego
Orfeusz napisał(a):
Oczywiście. To skrót myślowy. Chodzi mi tylko o to, że długofalowym skutkiem działania ewolucji jest polepszenie dostosowania organizmu, czego znakomitą egzemplifikacją są liczne ścieżki metaboliczne pozwalające wytwarzać potrzebne substancje i energie z różnych prekursorów. Tego wszystkiego pierwotniejsze organizmy nie posiadały lub w znikomym stopniu.

Ja wiem, że to jest skrót myślowy, ale trzeba pilnować się, żeby nie pójść z nim za daleko. Tu np. dziwisz się, że dobór naturalny pozwolił na powstanie zmian, które są "gorsze" w porównaniu do tych wytworzonych wcześniej, no bo przecież w ewolucji chodzi o to, żeby było coraz lepiej. A wcale nie o to chodzi. Przystosowanie organizmu jest mierzone w jego zdolności do reprodukcji, a nie przez porównanie do innych organizmów. Mógłbyś powiedzieć, że DNA motyla jest "szkodliwe", bo prowadzi do śmierci osobnika w rok, podczas gdy inne organizmy żyją kilkanaście, kilkadziesiąt, nawet kilkaset lat. Ale póki motyle istnieją, jako gatunek, udowadniają swoje przystosowanie. Więc z ich DNA jest wszystko w porządku, z punktu widzenia doboru naturalnego.

Orfeusz napisał(a):
Tego właśnie nie wiemy, czy po takiej rewolucji kodowej byłyby w stanie wydać potomstwo.

Skoro to potomstwo istnieje, to były w stanie. Chyba że masz jakąś alternatywną hipotezę o powstaniu tych organizmów o innej konstrukcji DNA.

Orfeusz napisał(a):
Zmiany jak najbardziej mogły być ( i były!) szkodliwe, ale to nie znaczy, że od razu (w 1 pokoleniu) były letalne. Zmiana w kodzie skutkowała produkcją niefunkcjonalnych i częściowo funkcjonalnych białek. Na czym to w praktyce polega? Np. komórka dokonuje replikacji, ale jej wierność jest na poziomie 1/100 nt. Da się z tym żyć przez kilka podziałów komórkowych , ale potem jest letalne. Podobnie z transkrypcją, czy translacją. Są błędy w transkrypcji. Powstają mRNA z licznymi błędami. Na ich podstawie syntezują się zmutowane białka, a do tego same białka wchodzące w skład maszynerii transkrypcyjnej są zmutowane. One też dokładają błędy. Potem te zmutowane białka tworzą częściowo funkcjonalne kompleksy, ale skutkuje to zaburzeniami w syntezie metabolitów, energii itd. Kaskada tych zmutowanych białek, prowadzi do kumulacji niekorzystnych procesów istotnych dla życia komórki, co jest w krótkim czasie letalne.

Ale jeśli pierwsze pokolenie nie jest letalne, to dobór naturalny utrzyma tę zmianę, a potem będzie faworyzował kolejne zmiany, które utrzymają brak letalności w drugim, trzecim, czwartym pokoleniu. Ewolucja nie zatrzymuje się w momencie rewolucji, o którym mówisz. Tak, jedna taka rewolucyjna zmiana mogłaby szybko stać się niekorzystna dla kolejnych pokoleń. Ale dlaczego mielibyśmy zakładać, że na tej jednej zmianie się skończy?


Wt wrz 17, 2019 10:33 am
Zobacz profil
Wyświetl posty nie starsze niż:  Sortuj wg  
Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 97 ]  Przejdź na stronę 1, 2, 3, 4, 5 ... 7  Następna strona


Kto przegląda forum

Użytkownicy przeglądający ten dział: Brak zidentyfikowanych użytkowników i 1 gość


Nie możesz rozpoczynać nowych wątków
Nie możesz odpowiadać w wątkach
Nie możesz edytować swoich postów
Nie możesz usuwać swoich postów

Szukaj:
Skocz do:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Przyjazne użytkownikom polskie wsparcie phpBB3 - phpBB3.PL